En 1989-1990, el cuarto municipio más poblado de Madrid reclama su derecho a tener un campus o una universidad propia al quedarse fuera de la Universidad Carlos III.
El 13 de junio de 1996 la Consejería de Educación de la Comunidad llega a un consenso con la oposición (IU y PSOE) para elaborar un proyecto de ley de creación de la universidad, que incluye a Fuenlabrada entre los municipios universitarios de la región. Hasta ese momento sólo figuraban Móstoles y Alcorcón.
En 1998 se inician las obras del nuevo campus y el 9 de octubre de 2000 se inauguran las clases con tres licenciaturas: Periodismo, Comunicación Audiovisual y Publicidad y Relaciones Públicas.
En 2009, el campus de Fuenlabrada de la Universidad Rey Juan Carlos ofrece también estudios de Turismo, Derecho, Administración y Dirección de Empresas, Economía, ingenierías de Telemática, Sistemas de Telecomunicación, Tecnologías de Telecomunicación, Sistemas Audiovisuales y Multimedia. Además, cuenta con el Instituto Superior de Danza “Alicia Alonso”.